Установите разные префиксы счета-фактуры для каждого магазина. Автоматическая генерация номера счета при подтверждении заказа и при изменении статуса заказа! Случайный номер заказа и номер счета (то же самое, что номер заказа + префикс счета). Выберите, сколько цифр имеет сгенерированный номер заказа, и измените значение следующего ID заказа!